A Reitoria é o órgão executivo superior da universidade, sendo exercida pelo reitor e, em suas ausências ou impedimentos, pelo vice-reitor. Regimentalmente, entre outras funções, cabe ao reitorado a função de administrar e representar a universidade, cumprir e fazer cumprir a legislação vigente e encaminhar pleitos e recursos interpostos aos conselhos superiores.

UFAC. Em 54 anos de história, a Universidade Federal do Acre (Ufac) — contando do nascimento ainda como Faculdade de Direito, em 25 de março de 1964 — viu passar pela administração superior os seguintes reitores:

Jersey Nazareno de Brito Nunes (1964-1970): Foi professor do Departamento de Direito, sendo o primeiro servidor admitido pela Ufac. Tornou-se o diretor da Faculdade de Direito, que deu origem, dez anos depois, à Ufac.

Áulio Gélio Alvez de Sousa (1970-1983): Foi empossado como diretor-geral do Centro Universitário do Acre, tornando-se, oficialmente, o primeiro reitor da instituição quando ainda era Universidade do Acre (Unacre), em 1971. Participou ativamente do projeto de federalização da universidade, da construção do campus universitário em Rio Branco e do campus avançando de Xapuri, além da instalação do Parque Zoobotânico, do Colégio de Aplicação e da Biblioteca Central. 

Omar Sabino de Paula (1983-1984): Foi professor do antigo Departamento de Direito e deu sequência às atividades de expansão da estrutura física iniciadas por seu antecessor.

Moacir Fecury Ferreira da Silva (1984-1988): Foi professor do antigo Departamento de História. Entre feitos da sua gestão, destacam-se: ampliação do acervo da Biblioteca Central, construção do anfiteatro Garibaldi Brasil, do anel viário do campus-sede e asfaltamento da área interna da universidade.

Sansão Ribeiro de Sousa (1988-1992): Foi professor do Departamento de Economia, sendo indicado ao cargo de reitor, pela primeira vez, pela comunidade universitária em consulta eleitoral que contou com a inscrição de seis chapas. Sua gestão foi notabilizada pela ênfase na interiorização da Ufac, com expansão de cursos para os principais municípios do Estado.

Lauro Julião de Sousa Sobrinho (1992-1996): É professor do Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas. Teve a gestão marcada por impulsionar a capacitação entre técnico-administrativos e professores. O corpo docente, em sua administração, apresentou expressivo crescimento no número de mestres e doutores. 

Francisco Carlos da Silveira Cavalcante (1996-2000):  É professor do Centro de Ciências Jurídicas e Sociais Aplicadas. Entre os destaques de sua gestão está a informatização de todos os setores da universidade, a criação do curso de Sistemas de Informação e a implantação de laboratórios de informática em diferentes cursos.

Jonas Pereira de Souza Filho (2000-2008): É professor do Centro de Ciências Biológicas e da Natureza. Entre os marcos de sua gestão destacam-se reformas na estrutura física do campus-sede, incentivo à política de qualificação dos servidores técnico-administrativos, construção e inauguração do campus Floresta, aprovação do projeto para adesão ao Programa de Apoio a Planos de Reestruturação das Universidades Federais (Reuni), que permitiu a ampliação dos cursos de graduação.

Olinda Batista Assmar (2008-2012): Primeira reitora da instituição, foi professora do Centro de Educação, Letras e Artes. Sua administração foi marcada pela ampliação do quadro efetivo com contratação de quase 500 novos servidores, entre docentes e técnico-administrativos, aquisição de 14 mil novos títulos para a Biblioteca Central, construção do Teatro Universitário no campus-sede e do teatro dos Nauas, do Restaurante Universitário e da residência estudantil em Cruzeiro do Sul, além de aumento significativo da frota de veículos da instituição.

Minoru Martins Kinpara (2012-2018): É professor do Centro de Educação, Letras e Artes. Em sua gestão investiu na reestruturação do campus-sede, climatização das salas de aula, avanço da pós-graduação, construção do campus de Brasileia e do novo Restaurante Universitário, em Rio Branco, realização da 66ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC), criação da Pró-Reitoria de Assuntos Estudantis, inauguração do Núcleo de Apoio à Inclusão, no campus Floresta, e  criação de 975 novos cargos entre docentes efetivos, substitutos e técnico-administrativos.